Cheile Mănăstirii reprezintă un defileu aparte: cu o dezvoltare relativ redusă în lungime, ele prezintă pereți cu înălțimi de până la 180 m, propice pentru alpinism și escaladă sportivă. Cheile Mănăstirii fac parte dintr-un larg sistem de chei și defilee săpate de apele Râmețului. Acestea s-au format prin eroziunea culmii calcaroase Pleșa Râmețului-Piatra Cetii. Aici, altitudinea maximă ajunge la 1250 m în Vârful Pleşii, iar altitudinea minimă la 420 m în talvegul Văii Mănăstirii. Cele două culmi, Vârful Pleșii şi Vârful Prisăcii – 1150 m, la nord, respectiv, la sud, constituie relieful până în Valea Mănăstirii. Culmile au căpătat un aspect zimţat, au vârfuri ascuţite cu forme de colţi şi ace, din cauza eroziunii şi a intensei carstificări. Sunt mărginiţi de versanţi abrupţi ce continuă spre bază cu acumulări deluvio-colucviale constituite din trene de grohotişuri.

Rezervaţia este străbătută de Pârâul Mănăstirii, care primeşte o serie de mici afluenţi sub formă de pâraie cu apă temporară. Pleșa şi Boghiu la est şi Pârâul Uzei la vest flanchează rezervaţia. Rezervația se întinde pe o suprafață de 150 de hectare și cuprinde calcare masive de vârstă jurasic superioară. În jurul lor, predomină conglomerate, gresii şi marne vraconiancenomaniene.
Importanţa rezervaţiei este dată, pe lângă peisajul pitoresc înscris în calcare, de o serie de plante rare ce se găsesc aici. Vegetaţia este formată dintr-un amestec de fag şi gorun.

Căi de acces: pe DC 78 modernizat din Teiuş, până la Mănăstirea Râmeţ, sau pe DJ 107 J din Aiud până în localitatea Râmeţ, de unde se coboară pe o potecă în Valea Geoagiului, la Mănăstirea Râmeţ